Desde que el Papa San Juan Pablo II creó la Diócesis de Apartadó, el 18 de junio de 1988, Monseñor Isaías Duarte Cancino, identificó en Urabá, respecto a la educación, dos grandes problemas: la calidad y la falta de cobertura «universal». Para atender esta problemática emprendió la consecución de los recursos necesarios para fundar colegios diocesanos y gestionar los contratos de cobertura educativa con la Gobernación de Antioquia.

Resultado de lo anterior fue en principio, la creación en 1990 de la Pía Fundación Autónoma Educativa con el objeto de integrar y fortalecer todos los proyectos para la formalización de centros educativos como iniciativa de la Iglesia en los niveles de preescolar, básica primaria y secundaria, media académica o vocacional, universitaria y de educación informal en el ámbito de la Diócesis de Apartadó; favorecer la promoción del personal directivo, administrativo, docentes y de servicio que labora en la Diócesis en su formación moral, espiritual y académica; ofrecer posibilidades para una buena formación integral en las diversas etapas de la vida, a saber: la niñez, la juventud y la adultez.

La obra continuó con la creación de cinco colegios diocesanos: 1991 el Colegio Diocesano Juan Pablo II en Apartadó y en Chigorodó el Colegio Diocesano Laura Montoya; 1992 en el Corregimiento de Currulao del Municipio de Turbo, el Centro de Educación Campesina (el que a partir del 2002 se llamaría Colegio de Educación Campesina, con autorización para ofrecer el Sistema de Aprendizaje Tutorial SAT en la Zona de Urabá); 1995 el Colegio Diocesano Nuestra Señora del Carmen en Turbo, y en Carepa el Colegio Diocesano Santa María. En 1996, después de haber trasladado los seminaristas que estudiaban en las instalaciones del Seminario Menor San Pedro Apóstol a las instalaciones del Centro de Convivencias SINAÍ, en un proceso liderado por Monseñor Tulio Duque Gutiérrez, se funda en San Pedro de Urabá, el Colegio Diocesano San Pedro Apóstol, que recibe la licencia de funcionamiento con este nuevo nombre en 1998.

Hasta el año 2012, la Gobernación de Antioquia firmó contratos de administración del servicio educativo con la Diócesis de Apartadó; los contratos los suscribía el Obispo diocesano. A partir de este año, Monseñor Luis Adriano Piedrahita Sandoval, lideró el proceso para que la Pía Fundación iniciara el cumplimiento del objeto para el que fue creada, situación que coincidió con la decisión de la Gobernación de Antioquia de adecuar la contratación de administración del servicio educativo al decreto 2355 de 2009 que en su capítulo IV contempla la contratación de la administración del servicio educativo con las iglesias y las confesiones religiosas. Esto significó que a partir de mediados del año 2012 la administración departamental inicie la firma de los contratos directamente con la Pía Fundación, para lo cual le entrega en administración 18 instituciones educativas.

En este mismo año la Alcaldía de Carepa reclamó las instalaciones en las que funcionaba desde 1995 a título de comodato el Colegio Diocesano Santa María, como respuesta a esta contingencia la Diócesis adquirió la planta física donde funcionaba el Colegio Metropolitano de ese municipio.

En el año 2013 Monseñor Luis Adriano Piedrahita Sandoval convocó una Junta asesora para los asuntos de la Pía Fundación, la que, hasta el nombramiento en octubre de 2014 de Monseñor Hugo Alberto Torres Marín como Administrador Apostólico de la Diócesis de Apartadó, tuvo como principal tarea la revisión y adecuación de los estatutos a las nuevas condiciones y normatividad educativa vigente.

En su condición de Administrador Apostólico y luego como Obispo nombrado por el Papa Francisco en septiembre de 2015, Monseñor Hugo Alberto Torres Marín profundizó en el proceso de reorganización estructural de la Pía Fundación, determinando el cambio de estatutos y razón social de la misma. A partir del 4 de diciembre de 2015 y según decreto 012.02/HATM/Xll 15, la Pía Fundación Autónoma Educativa, se transforma en la Fundación Educativa Isaías Duarte Cancino, entre otras razones, como un homenaje al Obispo fundador de la Diócesis y sus obras educativas.

La Fundación Educativa Isaías Duarte Cancino (FEIDC), actualmente cuenta con una experiencia de más de 30 años en el sector educativo que le ha permitido desarrollar mecanismos, estrategias, didácticas y modelos de enseñanza que le ayudan a cumplir con su objeto social a saber es: “facilitar la Participación de la Diócesis de Apartadó en el proceso de formación del ser humano en sus distintas etapas para su inserción en el desarrollo integral de la región y del país”.